Gamtõs tyrmų ceñtro Botãnikos institùtas, Botãnikos institùtas, valstybinis mokslo institutas. Yra Vilniuje. Turi Algologijos ir mikroorganizmų ekologijos, Augalų fiziologijos, Augalų patologijos, Ekonominės botanikos, Biodestruktorių tyrimo, Floros ir geobotanikos, Mikologijos, Genetikos, Vandens ekotoksikologijos laboratorijas. Institutui priklauso eksperimentinė mokslinė bazė Vilniuje su vaistinių ir uoginių vaistinių augalų kolekcija, Pajūrio biologijos stotis Juodkrantėje. Institute dirba (2019) 77 mokslininkai (9 habil. dr. ir 68 dr.).
Botanikos instituto herbariume sukaupta daugiau kaip 120 tūkst. augalų ir grybų pavyzdžių. Mikroorganizmų grynų kultūrų kolekcijoje yra apie 800 rūšių grybų, streptomicetų, mielių, mieliagrybių ir bakterijų.
Pagrindinės instituto mokslinės veiklos kryptys: augalų ir mikroorganizmų funkcinės organizacijos, biologinio produktyvumo, augimą ir morfogenezę lemiančių genų bei fiziologijos determinantų tyrimai; grybų bei mikroorganizmų įvairovės ir funkcionavimo tyrimai. Institutas turi teisę teikti biomedicininės srities botanikos krypties habil. dr. laipsnį ir kartu su Vilniaus universitetų – botanikos ir biologijos (mikrobiologija, bakteriologija, virusologija, mikologija) dr. laipsnį.
Išleido veikalus Lietuvos TSR flora (6 t. 1959–80), Mikrobiologiniai medžiagų pažeidimai (1997), Botanikos vardų žodynas (1998), leidžiami daugiatomiai leidiniai Lietuvos augalija (Pievos 1998), Lietuvos grybai (t. 1–13 1991–2002). Institutas turi leidyklą, nuo 1995 leidžiamas mokslo žurnalas Botanica Lithuanica. Botanikos institutas įkurtas 1959, reorganizavus Biologijos institutą. Nuo 2010 Botanikos institutas yra Gamtos tyrimų centro padalinys.
Direktoriai: K. Jankevičius (1959–81), A. Merkys (1981–89), R. Pakalnis (1989–2002), V. Rašomavičius (2002–2010).
1230